Na základě privilegia z 9. května 1346 uděleného papežem Klementem VI., mohl český král Karel IV. listinou z 21. listopadu 1347 založit klášter řádu benediktinů slovanské liturgie v Podskalí při starším kostelíku svatých Kosmy a Damiána. Papežský souhlas získal ještě jako moravský markrabě a dostalo se mu jej po jistém váhání s podmínkou, že bude jediným takovým v říši.

Klášter se díky přímé podpoře císaře, vyjádřené mimo jiné zaměstnáním jeho dvorních malířů a vyjednáním odpustků pro poutníky, těšil velké popularitě a jeho chrám brzy nedostačoval. Proto Karel v roce 1371 založil nový klášterní kostel zasvěcený Panně Marii, svatému Jeronýmovi, slovanským věrozvěstům Cyrilu a Metodějovi a českým světcům Vojtěchovi a Prokopovi. Zasvěcení chrámu a kláštera vykonal o Velikonocích 29. března 1372 pražský arcibiskup Jan Očko z Vlašimi za účasti dvou říšských kurfiřtů a několika biskupů, samotného Karla IV. a jeho syna Václava IV. Tím, že Karel prosadil, aby klášter vysvětil pražský arcibiskup, a nikoli papežský nuncius, zdůraznil specifičnost nové instituce.

Karel IV. si byl vědom politických a duchovních závazků plynoucích z faktu, že po přeslici pocházel ze starobylé slovanské dynastie Přemyslovců a také si uvědomoval jedinečnost českých zemí, coby místo společného dědictví západního latinského ritu s cyrilometodějskou tradicí východní liturgie. Zároveň jeho snahy směřovaly i k odstranění schizmatu mezi západní církví a východními křesťanskými církvemi, proto se rozhodl oživit slovanskou liturgii hlásící se k cyrilometodějské tradici a vytvořit středisko slovanské církevní vzdělanosti, odkud by se věrouka ve slovanském jazyce šířila mezi Čechy i ostatní Slovany. Pozval proto do Prahy především benediktinské řeholníky z kláštera ve Tkonu na ostrově Pašman jižně od Zadaru z oblasti dnešního Chorvatska, tzv. hlaholáše (též glagolity), znalé církevní slovanštiny. První opat se jmenoval Jan, od roku 1350 užíval všechny opatské insignie včetně infule a byl rodem Chorvat. Národnost všech není známa, někteří pocházeli z Dalmácie, jiní ze Srbska.

Klášteru, tak jak si ho představoval Karel IV.,  však doba nepřála. Postupně přečkal svou přeměnu v duchu husitském, násilnou katolizaci v době Habsburské, i převzetí německými benediktiny. 

Teprve v době 1.republiky se postupně vracel k myšlenkám svého zakladatele. Tento vývoj však přerušila světová válka a německá okupace. V areálu Emauz fungovala v roce 1941 odbojová vysílačka (Magda) Obrany národa. Po prozrazení komunitu Emauz rozehnalo a pozatýkalo gestapo.

Nálet 14. února 1945 klášter i kostel silně poničil. Na klášter a kostel dopadly 3 ničivé zápalné pumy, každá o váze 227 kg. Zásah zničil obě gotické věže (severní byla zničena zcela, celá jižní vyhořela) klášterního kostela. Kostelní klenba se ze dvou třetin zřítila. Gotické budovy vyhořely až na klenby v přízemí. Opravy komplexu byla navrženy v roce 1947, ale proběhly již za socialismu, v první polovině 50. let dvacátého století.

Zničené věže nahradily betonové skořepiny ve tvaru křídel, které jsou symbolem ničivých plamenů a zkázy Emauz v roce 1945.

V roce 1950 byl klášter v rámci Akce K násilně zrušen a následně připadl Československé akademii věd . Větší část mnichů byla internována, internaci shodou náhod unikl Páter Cyril Stavěl, který následně uprchl do zahraničí. Části mnichů se podařilo odejít do Itálie (kde již od roku 1948 pobýval opat Maurus Verzich a Odilo Crkva, který se rozhodl nevracet ,po komunistickém převratu, ze studií v Římě).

Jen náhoda... ?

Pět novoměstských kostelů, založených Karlem IV., tvoří pravidelný kříž. Severo-jižní rameno tvoří spojnice kostelů kostel sv. Kateřiny Alexandrijské a kostel Zvěstování Panny Marie Na Slupi. 

Západo-východní rameno Kostel Nanebevzetí Panny Marie a svatého Karla Velikého a Emauzský klášter, ramena se protínají v kostele sv. Apolináře. Svislé břevno pomyslného kříže lze protáhnout přes kapli Božího těla až ke klášteru karmelitánů u Panny Marie Sněžné.