Renesanční zámek stojí na jihozápadní straně historického centra města. V těchto místech dříve stával panský dvorec, později přestavěný na kamenný hrádek, poprvé zmiňovaný roku 1374.

   Roku 1366 město odkoupili od pánů z Landštejna jejich příbuzní, Rožmberkové, a založili zde augustiniánský klášter. Povýšili původní osadu na poddanské město, které se začalo rychle rozvíjet. Vok z Rožmberka se roku 1479 ujal vlády nad rožmberským majetkem a vybral si Třeboň za své sídlo. Podstatně rozšířil budovu v dnešním severozápadním nároží a Jindřich z Rožmberka nechal přistavět východní a západní křídlo.

Po požáru roku 1562 pověřil Vilém z Rožmberka stavitele Antonína Ericeru náročnými přestavbami hradu na renesanční zámek ve stylu italské módy. Přestavba probíhala v letech 1565 –1575, kdy byl západní trakt prodloužen na jih, na který navazoval spojovací trakt s bránou a věží a tím bylo uzavřeno vnitřní nádvoří.

V areálu zámku byl vybudován zámecký pivovar a sladovna. Roku 1602 si Třeboň za své sídelní město vybral poslední vladař dominia rožmberského Petr Vok, který sem přesídlil s celým svým dvorem. Na přelomu 16. a 17. století stavitel Dominico Cometta rozšířil zámek o vnější nádvoří. V jihovýchodním křídle vznikly dva společenské sály zaklenuté vysokou zrcadlovou klenbou. Interiér jednoho z nich, tzv. Dvořanské světnice, vyzdobil malbami Tomáš Třebochovský. Stěny pokryl malovaným karmínovým závěsem se vzorem granátového jablka a nad něj umístil pás se 32 erby a jmény dvořanů Petra Voka z Rožmberka. Roku 1604 Petr Vok zakoupil dva domy vedoucí z náměstí ke klášteru, které nechal zbořit a v místě nechal vybudovat patrový dům pro obrazárnu a knihovnu. Stavba si vynutila zrušení původní tzv. Břilické brány. Později přistavěl dnešní Budějovickou bránu. V letech 1606-1610 spojil budovu zámku s klášterem tzv. pavlačemi, postavenými na zdech městského opevnění. Na počátku 18. století byla tato pavlačová chodba nahrazena zděnou stavbou, tzv. Dlouhou chodbou.

Po smrti Petra Voka z Rožmberka získali Třeboň Švamberkové. Petr ze Švamberka zamýšlel postavit na jihovýchodní straně vnějšího nádvoří evangelickou modlitebnu, jejíž stavba však nebyla nikdy dokončena. Tyto stavební práce vedl italský stavitel Paolo Sarcelli. Již roku 1621 bylo třeboňské panství za spoluúčast Švamberků na stavovském povstání zkonfiskováno samotným císařem Ferdinandem II.

Stavební činnost na zámku opět ožila za nových majitelů, kterými se roku 1660 stali Schwarzenberkové.

Roku 1712 zhotovil Jan J. Světecký kamennou kašnu s hlavami Turků, jimž klove oči krkavec. Kašna s motivem schwarzenberského znaku byla zhotovena podle návrhu architekta Pavla Ignáce Bayera. V západní části vnějšího nádvoří vznikla v letech 1663-1666, na místě bývalého zámeckého pivovaru, barokní budova, která sloužila správě schwarzenberského panství. Jedinou větší úpravou vnitřního zámku byla přestavba západního křídla s předsunutým výběžkem, tzv. Císařským křídlem, do zahrady v letech 1859-1860. Po pozemkové reformě ve 20. letech 20. století byla Schwarzenberkům vyvlastněna podstatná část jejich velkostatku. Z třeboňského panství jim zůstala pouze budova zámku, která byla v letních měsících pronajímána jako hotel.

Roku 1940 zámek zabralo gestapo a škola nacistického letectva. Po válce roku 1945 byla na zámek dosazena Národní správa a v roce 1947 byl zámek zestátněn zvláštním zákonem Lex Schwarzenberg, stejně jako Hluboká, Krumlov aj. Značnou část zámku obývá i Státní oblastní archiv v Třeboni, jenž v sobě ukrývá původní rožmberský archiv, který byl za dob Schwarzenbergů rozmnožován. 

Vpád "Pasovských"

30. ledna 1611 překročili Pasovští české hranice a postupně obsadili Český Krumlov, České Budějovice, Týn nad Vltavou, Tábor a Beroun. Bylo to tajně najaté žoldnéřské vojsko, které povolal přes svého bratrance Leopolda Pasovského, sám císař Rudolf.   Dne 31. ledna 1611 lstí vniklo  do Českých Budějovic a přitom byl výstřelem z muškety zabit městský písař . Pasovští vyhrožovali, že prokopou hráz rybníku Rožmberk a voda z třeboňských rybníků zaplaví Prahu. V jižních Čechách se jim postavila silná rožmberská garda  (cca 1500 pěších vojáků a 600 jezdců) . Opevněná Soběslav útoku odolala. Stavové vyhlásili zemskou hotovost a české vojsko obsadilo Pražský hrad.  12. února se první oddíly pasovských objevily před Prahou. Začalo vyjednávání a o dva dny později byli stavové ubezpečeni, že pasovské vojsko brzy odejde. 15. února však Pasovští vpadli nečekaně na Malou Stranu a pokračovali k Vlašské ulici a ke Karlovu mostu. Došlo ke krvavým střetům, v nichž padlo nebo bylo zraněno 1400 mužů. Pasovští se chtěli zmocnit i Starého Města, ale podle dobových zprávy byli zastaveni desetiletým chlapcem, který vystřelil z děla, a spuštěním mříží v mostecké bráně. Jezdci, kteří přejeli na druhou stranu, byli pobiti nebo utonuli ve Vltavě. Situace se komplikovala a brzy nastal rozklad pasovského vojska. Rudolf II. začal znovu vyjednávat o jejich odchodu a slíbil, že žold jim bude vyplacen v Českých Budějovicích. Dne 6. března 1611 dorazilo k Praze vojsko císaře Matyáše. A v noci na 11. března opustily Prahu poslední pasovské oddíly, které stavové do patřičné vzdálenosti od Prahy pronásledovali. 

Krátce po těchto událostech se sešel v Praze sněm, na kterém císař Rudolf II. abdikoval a vzdal se koruny ve prospěch svého bratra, císaře Matyáše. Aby vojáci odešli z Čech, byl pasovským žoldnéřům  vyplacen dlužný  žold ve výši okolo 200 000 zlatých, z toho 100 000 zlatých poskytl Petr Vok z Rožmberka, který na to obětoval rožmberský stříbrný poklad !!