Výstavbu nového místa posledního odpočinku Schwarzenberků iniciovala v Třeboni kněžna Eleonora, manželka Jana Adolfa II. Schwarzenberga, když z prostorových i hygienických důvodů přestal vyhovovat jako pohřebiště kostelík sv. Jiljí u Domanína.

Před vlastní stavbou bylo nutno vybudovat kanál k odvodnění prostoru hrobky, zapuštěné pod úrovní terénu. Stavbu dvopodlažní budovy s monumentálním schodištěm navrhl podle vzoru italského Campo Santo knížecí stavitel Damasius Deworetský, spolutvůrce přestavby zámku Hluboká.

Stavbu, která probíhala v letech 1874 – 1877, řídil knížecí stavitel Karel Kühnel. Kapli Božského vykupitele vysvětil v roce 1877 pražský arcibiskup kardinál Bedřich Schwarzenberg. Novogotický oltář z bílého pískovce, sádry a mramoru je dílem sochaře Josefa Pokorného.

V hrobce byly v zinkových rakvích během let postupně uloženy ostatky (i symbolicky) 27 příslušníků rodu, mezi nimi i kněžna Eleonora, která zemřela v r. 1873 a otevření hrobky se nedočkala. Poslední pohřeb se zde uskutečnit v roce 1939; do roku 1948 se zde denně sloužily mše.

Jednou za rok, v dušičkovém období, se v kapli koná zádušní mše za rod Schwarzenbergů a této mše se zúčastňuje i kníže Karel Schwarzenberg a další členové rodu.

V roce 1947 byl schwarzenberský majetek, včetně této hrobky, převeden do českého zemského vlastnictví a po zrušení zemského zřízení se od roku 1950 stal majetkem Československého státu (Lex Schwarzenberg). Jako důvod vyvlastnění se  mimo jiné uvádělo i potřeba odčinění křivdy, kterou páchali Schwarzenbergové na této jihočeské oblasti od okamžiku, kde se spojili s císařem Zikmundem proti českým Husitům. Tato hrobka je jediným majetkem , který se rodu vrátil (v roce 2021) a to na příkaz Ústavního soudu, který označil takovéto odebrání rodinného hrobu, za docela obyčejnou krádež.